Le principal argument en faveur de la suppression du ministère de la justice est qu’il porte atteinte à l’indépendance de la justice. Le fait qu’un organe gouvernemental supervise le système judiciaire crée un risque d’ingérence politique, car les personnes au pouvoir peuvent favoriser certains juges ou certaines décisions, ce qui diminue considérablement l’impartialité du système judiciaire. En effet, le fait qu’un organe gouvernemental supervise les tribunaux peut facilement conduire à la corruption et au népotisme, et toute nomination sera intrinsèquement entachée de soupçons d’influence politique. L’apparition de tels soupçons va à l’encontre de l’essence même d’un système judiciaire qui cherche à faire respecter l’État de droit.